生态系统多样性指的是一个地区的生态多样化程度。它区别于物种多样性，物种多样性指的是物种的种类而不是生态系统。
生态系统多样性是指不同生态系统的变化和频率。即指生物圈内生境、生物群落和生态过程的多样化以及生态系统内生境差异、生态变化的多样性。生态系统多样性可指一个地区的生态系统层次上的多样性，或一个生物圈中的各种生态系统。
作用
生态系统多样性是物种多样性的保证。任何生物都要生活在一定的环境中，离开了适宜的环境，生物很难适应。
所以只有多种多样的生态系统，才能保证这些生态系统中多种多样的生物的生存，从这个意义上来说，保护生物多样性是重要的一点就是保护生态系统的多样性，生态系统多样性是物种多样性的保证。
生物与生物间（同种或不同种）、生物与无机环境间的共同进化形成生物多样性（包括物种多样性、基因或遗传多样性和生态系统多样性）。
